İstanbul Atatürk Fen Lisesi, İstanbul'un ilk, Türkiye'nin ikinci fen lisesidir. 1982'de Fen Lisesi Projesi kapsamında kurulan pansiyonlu devlet okulu, Kadıköy'ün Kuyubaşı semtindedir ve ilk mezunlarını 1985'te vermiştir. Öğrenciler Liselere Geçiş Sınavı (LGS) ile alınır.
Okul, 19. yüzyılda V. Murat'a ait bir av köşkünün de bulunduğu 40 dönümlük tarihi bir bahçede, Marmara Üniversitesi Göztepe Kampüsü'nün komşusudur; av köşkü 1960'larda yıkılmıştır. Okul binası daha önce İstanbul Atatürk Eğitim Enstitüsü olarak kullanılıyordu.
Eğitim 30 kişilik sınıflarda yapılır; yabancı dil olarak İngilizce ve Almanca okutulur. 2022-2023 öğretim yılından itibaren hazırlık sınıfı uygulaması başlamış, eğitim hazırlık artı dört yıl olarak sürdürülmektedir; 2024-2025'te Almanca hazırlık sınıfı açılmıştır. Okulda ikişer fizik, kimya ve biyoloji laboratuvarı, kütüphane, 500 kişilik tiyatro salonu, kapalı spor salonu ile açık futbol ve basketbol sahaları bulunur; öğrencilerin bir kısmı okul pansiyonunda kalır.